Existe uma preferência de usuário para que todos os cabeçalhos usem a numeração de tópicos, mas não é possível torná-lo um padrão para todos os usuários. Aqui estão algumas linhas de código que podem ser adicionadas ao seu arquivo LocalSettings.php que faz isso.
$wgExtensionFunctions[] = 'wfNumberHeadings';
function wfNumberHeadings() {
global $wgUser;
$wgUser->setOption('numberheadings', true);
}