você estava bem perto:)
a sintaxe correta seria ffmpeg -i InputFile -ss StartTime -t Duration Outputfile
então tente:
ffmpeg -i in_movie.avi -ss 00:26:20 -t 00:28:24 out_movie.avi
Atualizar
este episódio tem cerca de 40:23 de duração. -t especifica a duração, não a hora final. seu comando começará a gravar às 26:20 para 28 minutos e 24 segundos, isto seria até 54:44. Se você quiser gravar de 26:20 a 28:24, use a opção -t 00:02:04.
ffmpeg -i in_movie.avi -ss 00:26:20 -t 00:02:04 out_movie.avi
agora isso lhe dará um clipe AVI de 2 minutos e 4 segundos de duração, capturado de 26:20 a 28:24