O menu interativo --edit-key do GnuPG funciona de forma diferente. Você não seleciona uma subchave por key [subkey-id] , mas por key [key-index] , no seu caso, isso seria key 2 (a segunda subchave do topo, a chave primária não conta).
Depois de fazer isso, a linha
ssb rsa4096/33333333
mudará para
ssb* rsa4096/33333333
com um asterisco indicando a chave sendo selecionada. Depois de selecionar uma ou mais chaves, execute delkey para excluir as subchaves selecionadas. Não esqueça de save !