Não há vantagem real. O bootleneck será movido para a interface da unidade EIDE, que, como você sabe, limita a largura de banda do disco rígido à especificação ATA que você vê na etiqueta da unidade.
No entanto, sendo que a placa-mãe oferece um controlador SATA, você obterá um aumento de desempenho se comprar um disco SATA para ele. Nos preços atuais, você pode obter discos SATA mais baratos que os da ATA.