Você pode instalar o Mono lado a lado com qualquer versão do .NET Framework.
Não há interferência entre dois deles.
Atualmente, sou um desenvolvedor .NET e quero testar meus aplicativos com o mono para garantir a compatibilidade entre plataformas, mas não quero desistir da implementação oficial do .NET. Posso instalá-lo lado a lado no meu PC de desenvolvimento principal ou tenho que usar um ambiente Xp virtual sem o .NET?
Estou usando o Vista.
Estou executando o Server 08 (Vista kernel) e consegui instalar o Mono com sucesso, escrever um aplicativo usando um projeto Mono e um projeto VB e desinstalar o Mono sem problemas. Eu tive que testar algumas idéias e essa foi a maneira mais fácil de comparar os dois projetos.