Primeiro, certifique-se de que os Aplicativos (e os outros que você deseja) estejam selecionados em Preferências do Sistema > Spotlight.
Se isso não funcionar, é possível que, de alguma forma, a indexação tenha sido desativada. No terminal, execute o seguinte comando:
sudo mdutil -E /
Ainda assim, se isso falhar, tente excluir o índice do Spotlight e comece a indexá-lo novamente:
sudo rm -r /.Spotlight-V<TAB>
sudo launchctl load -w /System/Library/LaunchDaemons/com.apple.metadata.mds.plist
sudo mdutil -E /
Na minha máquina, o índice do Spotlight era .Spotlight-V100, mas eu o vi como outro, é por isso que a conclusão da tabulação usada