Você está fazendo uma exclusão completa ou uma exclusão da lixeira de reciclagem? Se ele está tentando mudar as pastas para a lixeira que poderia estar causando o problema com "a pasta de destino ...". Tente Shift + Del em vez de apenas Del .
Em seguida, eu tentaria arrancar de um Linux LiveCD que suporta NTFS ( Ubuntu deve funcionar), e tente excluir as pastas de lá. Como o Linux não tem as mesmas restrições de sistema de arquivos que o Windows, ele pode excluir as pastas mesmo que você não consiga no Windows.