Solução 1
Há uma configuração nas Diretivas de Grupo no servidor que controla como os aplicativos RemoteApp devem se comportar quando são desconectados.
Basicamente, um logoff é executado por padrão quando você fecha um RemoteApp, mas você pode alterar essa configuração para até 5 dias (pode ser possível aumentar esse limite por meio do registro).
Você encontrará as configurações no servidor aqui (para Win2008):
Local group Policies (run gpedit.msc) > Computer Configuration > Administrative Templates > Windows Components > Remote Desktop Services > Remote Desktop Session Host > Session Time Limits > Set time limit for logoff of RemoteApp sessions
Observação : certifique-se de não anular as configurações de desconexão / desconexão através da Configuração do Computador ou da Configuração do Usuário ou não terá qualquer efeito, pois elas teriam precedência.
Solução 2
Use a ferramenta tsdiscon para desconectar a sessão em vez de fechar o aplicativo.
Nesse caso, certifique-se novamente de que a configuração do computador ou as definições de configuração do usuário não impõem algum tempo limite que resultaria na sessão sendo fechada quando você não deseja.
Referências