Quando você adiciona algo ao branch master, ele está lá para sempre. Mesclar outro ramo ao mestre é apenas adicionar coisas de outro ramo ao mestre.
Quando você exclui essa outra ramificação, o histórico dentro da ramificação é perdido se você a criou novamente. Mas isso não faz muito sentido, uma vez que as mudanças estão no ramo mestre.
Assim, você pode excluir com segurança sua filial se não quiser continuar o desenvolvimento dentro dela.