A melhor solução seria criar uma sessão personalizada no PuTTY (com a configuração "Fechar janela ao sair" alterada) e carregar essa sessão por meio da linha de comando, mas se você não tiver acesso à GUI, isso não é fácil. No entanto, não conheço nenhuma maneira de especificar configurações individuais por meio da linha de comando.
Se você pode editar o registro, no entanto, você pode criar uma sessão criando uma nova chave em
HKEY_CURRENT_USER\Software\SimonTatham\PuTTY\Sessions
onde você pode adicionar valores correspondentes às configurações da sessão na GUI. Então, se você quiser que a janela sempre feche na saída, você adicionaria um valor DWORD chamado CloseOnExit contendo o valor 2. Todo o resto não especificado permanecerá como padrão.
Você adicionaria
-load "session name"
para a sua cadeia de linha de comando, onde "nome da sessão" é o nome da chave que você criou. Coloque quaisquer outras opções de linha de comando depois disso (como servidor, nome de login, senha, etc.) e está tudo pronto.
Eu mesmo testei isso, mas ainda é prudente fazer o backup do seu registro antes de qualquer edição manual.
Alternativamente, existem garfos do PuTTY (como Bandeja PuTTY ) que apresentam reconexão automática após uma interrupção, embora eu não possa atestar como eles funcionam bem.