Eu criei uma imagem wim que planejamos implantar em alguns de nossos computadores, mas quando imagino um computador com ela de um flash drive, ela informa continuamente que falta BOOTMGR (e não, não está sendo inicializado o pen drive).
Consigo resolver isso executando o Reparo de Inicialização do Windows, mas prefiro apenas adicionar qualquer comando que esteja resolvendo o problema em um script que é executado após a imagem. Já tentei executar fixmbr , fixboot , rebuildbcd e nt60 , mas nenhuma delas resolveu o problema.
Basicamente, eu gostaria de saber exatamente o que está sendo feito quando executo o Windows Startup Repair.
Uma coisa que você pode fazer é clicar no link que diz "Clique aqui para detalhes de diagnóstico e reparo" , antes de você ser solicitado a reiniciar o sistema, para que os reparos sejam feitos. 
Issomostraráumregistrodasalterações/reparosrealizados,dependendodosproblemasencontrados.Ascoisasfeitaspeloreparodainicializaçãovariamdeacordocomseusproblemasreais.
Naimagemabaixo,vocêpodeverumexemplodeumproblemaencontradopeloReparodeInicialização.
Toda vez que você aplica uma imagem wim (com a ferramenta imagex) a um disco ou partição, você deve adicionar entradas de inicialização (entradas do Windows BCD) manualmente. Para fazer isso, você deve inicializar o computador com um disco WinPE e executar o seguinte comando na partição em que aplicou o wim :
bcdboot X:\Windows
em que X é a unidade em que você aplicou a imagem. Você pode ver qual é o valor X executando:
diskpart list volume
Se você aplicou a imagem a uma unidade diferente (normalmente, c :), você desejará executar
bcdboot c:\Windows
E, em seguida, execute o comando
bootrec /rebuildbcd
Para verificar instalações e adicioná-las ao gerenciador de inicialização.