Tente alterá-lo para isso:
set js_files=
for %%f in (js/*.js) do set js_files=!js_files! js/%%f
echo %js_files%
C:\path\to\jsminifier.exe --inputfiles %js_files%
Observe a mudança de set js_files=%js_files% js/%%f
para set js_files=!js_files! js/%%f
- usando os pontos de exclamação no lugar dos sinais de porcentagem, você está instruindo o shell a expandir a variável de ambiente dinamicamente durante a execução.