O Word permite que você insira o que chama de caractere "sem largura sem quebra" via Inserir- > Símbolo- > Símbolos adicionais > Caractere especial. Isto é Unicode U + 200C, conhecido em Unicode como ZERO-WIDTH NON-JOINER.
Se você inserir um deles imediatamente antes da equação "y", ele parece impedir que esse erro específico seja sinalizado.
Não é o ideal, e quando chega antes da equação, o personagem parece estar dentro da equação "box" (embora não seja).
O OP comentou que precisa ser usado com cuidado, por exemplo porque usado após o "y" pode atuar como uma quebra de linha opcional, empurrando o "." na próxima linha.