Ao clicar em tel: links no Safari, como:
<a href="tel:+3361234567890">call</a>
o aplicativo FaceTime é aberto. Como posso configurá-lo para abrir o Skype?
Você pode alterá-lo usando um utilitário chamado RCDefaultApp - freeware - que é instalado como um Painel de Controle. É velho, mas ainda funciona até o El Capitan [Eu não testei no Sierra, mas não vejo nenhuma razão real para que ele ainda não funcione.]
Procure por 'tel' na lista de URLs & mudar ...
Você pode alterar isso sem um aplicativo extra por meio das preferências no FaceTime. Na guia Configuração, altere a última entrada "Padrão para chamadas" para o Skype. Pelo menos dessa maneira funciona para o Skype for Business.