Este site explica como instalar em um stick USB.
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Sim, existem algumas opções aqui, comecei com o Cameyo . É muito fácil de usar e fácil de usar. No entanto, uma desvantagem crítica é que a virtualização tem problemas com alguns programas e nem sempre funciona bem, se é que diz respeito a esses programas. Depois de Cameyo, eu fiz o salto para VMWare ThinApp . Um pouco mais complexo, mas você pode conseguir muito mais com essa ferramenta. Se você usá-lo, levará algum tempo para se acostumar, já que editar um projeto após uma captura requer que
Ai, não é uma resposta tão boa, passei algum tempo tentando, e realmente não consegui nada que me agrade, eu uso o portableapps.com para quase tudo no trabalho, mas não para obter o Unix, ou mesmo emacs.
Para não dizer que isso não é um problema solucionável ou mesmo difícil, acho que alguém que gruda no Windows só precisa dar uma olhada nele.
Sistema de arquivos, depende de onde você deseja usá-lo. Provavelmente ntfs, se tudo o que importa é o windows (bem, pode funcionar com o Linux), eu uso o fat32 em um 4gb (desperdício para o cygwin, muitos arquivos pequenos), e eu olhei para usar o UDF (DVD file system), mas precisa dar a volta para fazer minha caixa de linux escrever para ele.