A página tmux man indica a opção set :
#(shell-command)First line of the command's output
Mas tenho certeza, isso não significa shell funcitons , porque tmux não executará o shell-command na sessão atual do shell, mas inicia uma nova instância, que inicia como não-interativo , portanto, não fonte seu ~/.zshrc config e, portanto, não sabe sobre as funções definidas nele.
Para trabalhar, você poderia criar um script , chamado foo
#!/bin/zsh -f
source ~/.zshrc # or just the desired function to save parsing time
# use some functions defined in ~/.zshrc
print "FOO"