Certifique-se de seguir as etapas na FAQ do CYGWIN . Se você quiser apenas remover o serviço da lista de serviços, siga estas etapas em ghacks.net - como remover serviços no windows .
Para remover um serviço no Windows:
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Abra o Prompt de Comando (também conhecido como cmd) como administrador (privilégios elevados).
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Digite
sc delete "name of service"
e aperte enter. Para obter o nome completo adequado de um serviço, abra a lista de gerenciamento dos Serviços do Windows e clique duas vezes no serviço. O nome do serviço adequado está em "Nome do Serviço: # nome do serviço #"