Deve haver uma condição de corrida no tmux no cygwin, porque mudar escape-time de 0 para 1 corrige para mim a maior parte do tempo .
Para valores acima de 50 ms, esse problema nunca mais aparece.
Se eu executar tmux do meu shell bash do cygwin, ele imprime 1;2c no meu prompt após o lançamento do tmux. Se eu me conectar a uma sessão que eu tinha aberto anteriormente usando tmux attach-session , ela faz a mesma coisa. Se eu tivesse o vim aberto naquela sessão, ele agiria como se eu tivesse digitado 1;2c no vim.
Eu fiz o meu .bashrc vazio, então sei que está sendo causado pelo tmux, não pelas minhas configurações do bash.