Você precisa adicionar mais algumas chaves de registro:
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\.md]
@="markdown"
[HKEY_CLASSES_ROOT\.md\ShellNew]
"NullFile"=""
[HKEY_CLASSES_ROOT\markdown]
@="Blank Markdown file"
@=markdown
aponta para a nova chave de registro, cujo valor padrão acaba sendo a descrição e o nome do novo arquivo.
Você também pode precisar adicionar o seguinte para definir o ícone (mas eu acho que é opcional):
[HKEY_CLASSES_ROOT\markdown]
"DefaultIcon"="%SystemRoot%\system32\imageres.dll,-102"
Finalmente, da ShellNewHandler você pode ter que:
- desmarque .md
- aplicar
- marque .md
- aplicar