O menu suspenso não mostra pastas ocultas, mostra os lugares visitados mais recentemente que você digitou na barra de endereço ou navegou para os caminhos / setas na própria barra de endereços. é por isso que a opção "Não mostrar pasta oculta" não a afeta. :)
Você pode excluir manualmente a lista clicando com o botão direito do mouse na barra de endereço e clicando em "Excluir histórico".
Você também pode usar o RegEdit para acessar a chave de registro HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\TypedPaths
e remover as entradas de dentro.
Talvez Exporte uma cópia em branco dessa chave de registro e importe-a por meio de um script de logout (usando reg.exe em um arquivo em lotes, ou semelhante) para garantir que ela tenha sido limpa no logout.