Você pode usar - root para instalar pacotes em outro diretório, mas não pode usar a maioria dos programas, pois a maioria dos programas procura por alguns arquivos em locais fixos (como / etc). A opção está lá para casos como instalar pacotes em uma raiz NFS para clientes sem disco.
Talvez você possa usar algo como UnionFS para mesclar os dois sistemas de arquivos.