Supondo que você esteja usando o Ubuntu, eles têm um guia sobre como fazer isso
Para resumir
$ xinput list | grep 'id='
para listar todos os seus dispositivos de entrada. Encontre seu mouse lá
xinput get-button-map 4
Para listar todos os seus botões - você terá uma lista muito longa de números começando com 1 2 3 (que representam o botão esquerdo e o botão do meio)
Para desativar o botão do meio do mouse
xinput set-button-map 4 1 0 3
para remapear com o botão esquerdo do mouse
xinput set-button-map 4 1 1 3
A rolagem ainda deve funcionar, já que a roda de rolagem é vista como um botão separado
Pessoalmente, deslize + middleclick para copiar / colar é incrível