A pergunta é um pouco ampla, mas vou dar uma olhada nisso ...:)
É porque a maioria dos sistemas operacionais com uma GUI (o Windows, com certeza) envia aos aplicativos uma mensagem de que a resolução está prestes a ser alterada. As coisas, em seguida, diminuem a velocidade enquanto esses aplicativos fazem seus ajustes para a nova resolução e respondem ao Windows (ou não) que receberam a mensagem e que a manipularam (ou não).
O próprio Windows Explorer precisa fazer todos os tipos de alterações de escala e cálculos para os objetos gráficos reais (visíveis e não) com base em suas próprias necessidades, bem como nas necessidades dos aplicativos em execução.
Como comparação, eu diria que minha Toshiba LCD HD TV leva um pouco menos da metade do tempo do Windows para alterar as resoluções através da caixa de decodificador (ou seja: 720p a 1080p e vice-versa), e não é lidando com em qualquer lugar perto da quantidade de cálculos que a GUI do seu computador estaria realizando.
Eu também esperaria algum "tempo de configuração" perceptível para novas resoluções, mesmo quando lidando com o painel LCD no nível mais baixo.
Atualizar uma exibição em uma resolução repetidamente com base em um relógio é muito mais fácil do que alterar a resolução. Além disso, como a taxa de atualização é um recurso muito mais importante para os dispositivos de vídeo do que as rápidas alterações de resolução, é aí que os recursos de pesquisa são gastos na melhoria.
Espero que ajude. :)