Existe um bug arquivado na libav sobre esse problema exato. Depressivamente, parece não ser abordado. Acho melhor considerar o avconv uma boa ferramenta de codificação, mas não uma boa ferramenta de encapsulamento.
A melhor maneira de fazer isso é usar o MP4Box do GPAC . É um utilitário que parece estar preocupado principalmente com o encapsulamento de fluxos de mídia em arquivos mp4. Não faz en / de / transcoding, por exemplo. Se você instalar o GPAC no Ubuntu, você pode dizer:
MP4Box -add non-streamable.mp4 new-shiny-streamable.mp4
MP4Box por padrão torna os arquivos mp4 fluentes:
A partir da versão 0.2.4, o MP4Box sempre armazena o arquivo com intercalação de 0,5 segundo e meta-dados no início, tornando-o adequado para o fluxo HTTP. ( source )