Para arquivos do Excel 2003-2007, você pode desmarcar a opção "Verificar compatibilidade ao salvar esta planilha" na caixa de diálogo que aparece. Isso se aplica somente à pasta de trabalho específica que você está salvando. Mas, isso seria o suficiente para fazer com que o pop parasse de aparecer toda vez que você fosse salvar o arquivo. Você pode pelo menos trabalhar em um arquivo por peça. Procurei essa mesma opção para arquivos .csv, mas não encontrei nada na mesma linha.
Se você é aventureiro, pode experimentar o plug-in Desativar o Excel Compatibility Checker no Excel Guru. O autor diz que é bastante básico, só funciona com arquivos .xls e não foi testado completamente. Mas ei, pode valer a pena conferir.