Ok, acontece que os atalhos são perdidos quando a outra sessão (interativa) interage. A solução é copiar as configurações para a sessão da tela de login e para as configurações padrão para outro usuário. Isso impede que as configurações sejam perdidas. Eu acredito, é um bug no Windows, para que ele limpe os atalhos se eles não estiverem configurados na sessão da tela de logon.