Estou apenas cuspindo idéias aqui:
Se o programa com problema tiver opções de linha de comando, talvez ele possa ser desativado. Eu perguntaria primeiro ao vendedor, supondo que você possa e não tenha feito isso.
Se o programa do fornecedor fizer algum tipo de evento no sistema que o Windows lê, talvez você possa criar um script que exclua a pasta de lixo eletrônico (lote, cmd ou PowerShell). Se isso for possível, lembre-se de esperar até que o programa do fornecedor seja concluído.
Último recurso é configurar uma tarefa agendada para excluir no logoff do Windows. Isso requer que as máquinas clientes tenham espaço suficiente para o lixo viver durante a sessão.
Se os clientes são servidores, não logoff, configure-o para rodar, digamos a cada 24 horas ou como sempre isso acontece dividido por 2. Divida por 2 para reduzir a chance de lixo duplo, por assim dizer.