Acho que isso pode ser um problema semelhante ao do Controle de edição de referência, consulte MS KB 213776 para detalhes sobre este controle que você pode usar para VBA UserForms. (Eu faço uso extensivo deste controle em minhas soluções VBA.)
A Microsoft forneceu uma solução alternativa para o problema com o controle de edição de referência aqui: MS KB 291110 e Eu posso imaginar que isso também irá ajudá-lo com o Application.InputBox
-problema.
Editar: e depois de postar minha resposta, notei que esta pergunta foi feita há AGES ...: - (