Eu descobri o que estava errado. O saved as type foi alterado para *.* na caixa de diálogo salvar arquivo (obviamente, para a opção save as file). Com essa configuração, o Firefox estava salvando o html original. Com qualquer uma das outras configurações (incluindo txt), o Firefox estava salvando o conteúdo do DOM (com todas as alterações). Por um segundo, fiquei me perguntando se esse talvez seja um recurso não documentado, mas aqui diz:
All files: This is equivalent to "Web page, HTML only," but you may specify a file extension (e.g. ".htm" or ".shtml").
O que me faz acreditar que é um bug. Quero dizer, é um bug porque o comportamento difere da opção "Página da Web, somente HTML".
Update : Eu testei isso ontem e tinha certeza que Web page, HTML only salvou uma versão modificada do html, mas quando eu repeti o teste em outra máquina eu peguei o arquivo html original. Então, a parte "bug" pode realmente ser um erro meu. No entanto, se o seu firefox salvar o arquivo original em vez do conteúdo modificado, certifique-se de que saved as type não esteja definido como Web page, HTML only ou All files .