Eu sugeriria algo um pouco diferente de Flimzy. Dê uma olhada em git-import-dsc e possivelmente em git-debimport . Eles criarão magicamente, automaticamente, ramos separados de upstream, debian e prinstine-tar no pacote fonte do Debian. Você pode então criar seu próprio ramo para o seu conjunto de patches. Cada vez que um novo upload para o Ubuntu é feito, você pode simplesmente executar git-import-dsc no novo pacote e mesclar com sua ramificação.
Ainda mais simples seria usar bzr se você não for casado com git . Cada pacote do Ubuntu também pode ser encontrado em uma ramificação bzr . bzr branch ubuntu:$PACKAGE_NAME irá pegar o ramo fonte para você. Faça suas alterações e se comprometa. Então, quando um novo upload do Ubuntu for feito, você pode simplesmente executar bzr merge-package ubuntu:$PACKAGE_NAME