Não há maneira confiável de garantir isso. Por exemplo, um aplicativo pode inserir o caminho personalizado enquanto está instalado e não registrá-lo em nenhum outro lugar, mesmo em suas próprias configurações / arquivos. Nesse caso, não há como pesquisar em nenhum outro lugar para garantir que seja necessário ou não e, se você remover a entrada do caminho, ela será interrompida.
Trata-se de garantir 100%, em casos práticos, você pode remover quaisquer entradas relacionadas a programas e diretórios desinstalados que não existam mais com um bom nível de confiança.