Você pode usar a sintaxe especial \?\ para tentar remover o diretório. Por mais que tente, não consegui criar um diretório com apenas .. , mas consegui criar um arquivo com um espaço antes dele e ... (então .. ) e explorer e ferramentas normais foram incapazes de removê-lo.
Para usar a sintaxe \?\ , você precisa qualificar totalmente o caminho. por exemplo:
rmdir "\?\C:\Users\acme\Desktop\.."
Tente pressionar a tecla tab para percorrer os nomes dos diretórios em sua área de trabalho quando chegar ao final \ after Desktop . Se você fizer isso, o Windows iniciará a conclusão automática dos diretórios existentes nessa pasta. Sugiro isso, pois o nome real do diretório poderia ser algo como .. ou .. , o que faria com que o comando acima falhasse com "Não foi possível encontrar o diretório".
EDITAR : Se não for um diretório, mas um arquivo (o explorer pode mostrar que é um "diretório" porque .. aponta para o diretório pai) você pode usar a mesma sintaxe \?\ com o comando del .