O Windows possui muitos códigos legados para compatibilidade com versões anteriores de montes de software e plataformas de terceiros. Também inclui drivers completos de terceiros para pilhas de software. O software Windows em geral tem um histórico e uma reputação de inchaço, o que é em grande parte devido a razões de compatibilidade. O Windows também tem a capacidade de reproduzir uma variedade de jogos em várias versões do DirectX e uma variedade de formatos multimídia proprietários. Compatibilidade e uso universal para qualquer tarefa são objetivos da Microsoft para que eles possam manter sua posição no mercado de desktops.
Os drivers do Linux geralmente são mais universais, usando uma API de driver comum em vários modelos de hardware. Isso é bom e ruim. Por exemplo, alguns hardwares não funcionam, alguns funcionam perfeitamente e outros faltam recursos. O software no Linux geralmente segue a filosofia do Unix - cada componente ou ferramenta deve fazer uma coisa e fazê-lo muito bem, e os desenvolvedores de software não têm medo de quebrar a compatibilidade com versões anteriores para remover código inadequado e ruim.
Ambos os sistemas operacionais têm suas forças e fraquezas. Atualmente, onde os discos rígidos de 500 GB são baratos, o tamanho do disco da instalação deve ser a menor das suas preocupações. Uma preocupação maior é quanto dos recursos do sistema são consumidos pelos programas em execução.
O Windows ou Linux é ineficiente em relação ao uso de recursos, dependendo do que você está fazendo. Eles têm diferentes objetivos de design, diferentes mercados-alvo e diferentes filosofias que impulsionam seu desenvolvimento.