Primeiro, obtenha ffmpeg e, em seguida:
Para x64 codificado em .mp4:
ffmpeg -i INPUT -vcodec libx264 "OUTPUT.mp4"
Para o VP8 .webm:
ffmpeg -i "INPUT" -vcodec libvpx -acodec libvorbis -f webm "OUTPUT.webm"
Aqui é um guia útil para codificar o vídeo do MP4.