Até onde eu sei, o mecanismo murrine é exclusivamente para aplicativos GTK2, e você provavelmente nunca conseguirá que os aplicativos GTK3 funcionem com ele (a menos que você tenha interesse em portá-lo).
Em vez disso, existe um mecanismo diferente para o gtk3 chamado unico. Se você deseja usar temas GTK com aplicativos GTK3, precisará do mecanismo unico.