A GUI no Ubuntu é composta de um grande número de peças, trabalhando juntas. No nível base está o Gnome 3 (não confundir com o Gnome Shell). O Gnome 3 usa "widgets" do GTK para exibir todas as partes de aplicativos na tela. No topo do Gnome 3, o Ubuntu usa o Compiz e o Unity para fornecer o shell, que consiste no iniciador, na barra de menus e nas outras partes do Ubuntu. Unity é o shell real, enquanto o Compiz é conhecido como compositor - ele lida com todos os gráficos, transparências e animações que você vê.
Assim, qualquer tema do Gnome 3 irá criar um tema para sua caixa do Ubuntu.
Espero que isso ajude!