Acho que este relatório de bugs é o problema que você encontrou, causado pela instalação do PackageKit -0.6.21-1.fc16.x86_64:
Bug 771746 - Software Update claims all packages are untrusted
For reasons unknown, any attempt to use the Software Update or Add/Remove Software tools since Dec 31st results in an 'Authenticate' dialog. The text is "The software is not from a trusted source. Do not update these packages unless you are sure it is safe to do so." Clicking on details gives the following: Action: org.freedesktop.packagekit.package-install-untrusted Vendor: The PackageKit Project Testing indicates this dialog occurs for *any* package, from all the default repositories. I do not know why Software Update wants a root password as no changes to the repository configuration have been changed.
A correção é atualizar o PackageKit (e o PackageKit-glib) para o PackageKit-0.6.21-2.fc16 ou mais recente. Como você tem um sistema Fedora de 64 bits, certifique-se de instalar ambas as versões de 32 bits e 64 bits do PackageKit e do PackageKit-glib.
yum update PackageKit-0.6.21-2.fc16
ou simplesmente
yum update PackageKit
Você também pode baixar e instalar os rpms atualizados para PackageKit e PackageKit-glib (versões i686 e x86_64) de este site .