O IrfanView é, antes de mais nada, um aplicativo de visualização de imagens, não um aplicativo de edição de imagens (embora existam várias ferramentas úteis dentro do aplicativo). Quando se trata de salvar o canal alfa, o IrfanView é muito limitado. Isso também é explicado no fórum do IrfanView :
Irfanview is basically an image viewer. Alpha channel is just used to render against a background. then the alphachannel is gone. To keep the alpha channel means to use more memory and it must be handled in all image operations. This means a rewrite a lot of code.
Use different tools to preserve alpha channel during edit (like Paint.NET).
Se você estiver procurando principalmente a compactação de arquivos PNG, sugiro que dê uma olhada em ImageOptim (se estiver em um Mac), Trimage (Linux) ou FileOptimizer (Windows, cuidado: parece ser adware).
Se você quiser usar o ImageMagick, dê uma olhada no parâmetro alpha . Se bem entendi o que você precisa é -alpha set
.