Não há um método padrão para isso e é um processo demorado.
Você precisa fazer alterações nos arquivos CSS do tema, que podem ser encontrados em /usr/share/themes/<theme name>/
.
Agora, veja a cor que você deseja alterar, provavelmente ela será definida no início do arquivo CSS. Você pode querer usar um seletor de cores para este Agave
é bom.
Depois de encontrar a cor a ser substituída, execute o seguinte comando
cd /usr/share/themes/<theme name>/
find . -type f | xargs sed -i 's/abc/xyz/g'
no comando acima, substitua abc
pelo nome da cor que você não deseja ver e substitua xyz
pela cor que você gostaria de ver.
Substituiria toda a ocorrência da cor antiga em todos os arquivos