Eu tenho o mesmo problema usando o Xming & Eclipse.
Para resolver esse problema, você pode editar manualmente Workspace/.metadata/.plugins/*/dialog_settings.xml
.
Você pode encontrar valores problemáticos, como:
$ cd workspace/.metadata/.plugins
$ grep WIDTH */*.xml
or
$ grep HEIGHT */*.xml
Fazendo isso, você pode facilmente encontrar valores muito pequenos / grandes.
Eu acho que Xming é um ótimo trabalho, mas eu tenho algumas razões pessoais para não doar isso.