Use seu crontab
:
crontab -e
Em seguida, insira uma linha como a seguinte
*/30 * * * * /path/to/your/command
Salve e deve ser executado a cada 30 minutos de cada hora, todos os dias.
Atualizada a parte de 30 minutos, estava sendo muito rápida. Obrigado @nicolas, você tem +1.