Em todos os sistemas operacionais que usei (Ubuntu, Fedora, Windows e Mac OS X), existe um padrão para arquivos ocultos. Inicialmente eu pensei que esse recurso era simplesmente esconder alguns arquivos de exibição quando se olha para uma listagem de diretório, mas parece que isso pode não ser o único raciocínio.
Qual é o raciocínio por trás de um sistema operacional com o "recurso" de arquivos ocultos?
Oh, claro, eles executam seu sistema operacional e armazenam sua configuração, portanto, sem eles, você fica um pouco preso, mas não precisa vê-los. Eles são muito importantes para você. As pessoas se preocupam com as coisas que têm um uso para elas, então esconder as coisas que não são uma boa mudança do ponto de vista da usabilidade, para reduzir a saturação de informações.
Uma das principais razões é evitar erros PEBKAC - usuários inexperientes excluindo e modificando arquivos quando não o fazem conheça o seu propósito. Se você puder fazer algo para economizar um grande percentual de chamadas de suporte, sugiro fazer isso:)
Meu palpite seria: impedir que usuários comuns excluam arquivos importantes.
Portanto, se você remover a pasta com arquivos do sistema, eles também desaparecerão. Isso é para janelas. De qualquer forma isso é um mau caminho antigo. Não é importante saber se o computador funciona.