Apenas para os interessados, embora dificilmente a solução perfeita, este é um pouco melhor do que editar todos os arquivos em PDF nos quais você deseja deixar um favorito.
É um plugin para o Adobe Reader, e adiciona uma opção na barra de ferramentas, que permite salvar um (!) marcador por arquivo, geralmente aquele que marca a posição em que você parou com a leitura. Ele salva as informações dos bookmrks fora do arquivo no mesmo diretório em que o plug-in está.
Embora eu ainda esteja procurando uma solução melhor, isso funciona para mim por enquanto ...