Você poderia usar a "linguagem humana" como uma analogia.
Os programas do Windows falam com o sistema operacional Windows usando a API do Windows, a API é como um idioma.
Os programas do Linux falam com o sistema operacional Linux usando outra linguagem, a API do Linux. O Linux não "fala" a API do Windows, o Windows não "fala" a API do Linux.
Existem maneiras de fazer o Linux entender a API do Windows, como instalar o Wine como um tradutor.