O problema é o mesmo que para outros programas (java, javac, javaws etc.) Você só precisa criar uma alternativa de atualização para o programa "jar" como este:
sudo update-alternatives --install "/usr/bin/jar" "jar" "/usr/lib/jvm/jdk1.7.0/bin/jar" 1
Nota: lembre-se de substituir o caminho "jdk1.7.0" pelo nome real do caminho de instalação do seu jdk de destino, se for diferente.