O tamanho da unidade de alocação padrão (cluster) no exFAT é muito maior que o tamanho da unidade de alocação padrão no NTFS. Como você observou na sua pergunta, o exFAT é padronizado para 256 KB, mas o NTFS assume o padrão de 4KB para volumes maiores que 2 GB .
Como a alocação de armazenamento deve ocorrer em clusters inteiros, um arquivo que não seja um múltiplo do tamanho do cluster resultará em espaço desperdiçado no dispositivo de armazenamento. Esse espaço desperdiçado depende do tamanho e geralmente é maior quando o tamanho do cluster é maior e quando há muitos arquivos no dispositivo. Essa condição é chamada fragmentação interna , e o espaço desperdiçado é chamado de espaço de folga .
Por exemplo, um arquivo de 257 KB exigirá duas unidades de alocação para armazenar em seu volume exFAT, ocupando 512 KB de espaço. O mesmo arquivo exigiria apenas 260 KB em um volume NTFS com clusters de 4KB.
O artigo da Wikipedia sobre clusters de dados explica isso com mais detalhes:
A cluster is the smallest logical amount of disk space that can be allocated to hold a file. Storing small files on a filesystem with large clusters will therefore waste disk space; such wasted disk space is called slack space. For cluster sizes which are small versus the average file size, the wasted space per file will be statistically about half of the cluster size; for large cluster sizes, the wasted space will become greater. However, a larger cluster size reduces bookkeeping overhead and fragmentation, which may improve reading and writing speed overall. Typical cluster sizes range from 1 sector (512 B) to 128 sectors (64 KiB).
Tente formatar a unidade com um tamanho menor de unidade de alocação. Isso pode diminuir um pouco as operações de E / S, mas reduzirá bastante a quantidade de espaço em disco desperdiçado.