Contanto que você esteja apenas procurando arquivos e pastas ocultos no nível de A e não queira, por exemplo
A/b/.hidden
para ser copiado, você deve poder usar isto:
cp -r A/.[^.]* B
Basicamente, significa copiar qualquer coisa que comece com .
e, em seguida, qualquer caractere diferente de .
que filtra .
e ..
Edit: Removido o -p do comando cp desde que o Asker não indicou que deseja preservar quaisquer propriedades, datas, etc.