Se você tiver o pacote atom-embelezar instalado, poderá ativar / desativar o formato automático ao salvar para cada pacote suportado idioma separadamente:
Preferences
→ Packages
→ atom-beautify
→ role até Language Config - LangXYZ - Beautify On Save
(com o LangXYZ sendo o idioma configurado).
Se você não tiver pacotes extras instalados, pode ser que o pacote whitespace , que vem com o Atom, esteja ativado por padrão : Preferences
→ Packages
→ whitespace
Você pode clicar em Disable
e terminar (eu fiz :-)), ou você pode desativar o pacote seletivamente através de entradas no arquivo config.cson
, conforme documentado na própria página do pacote.