Se você tiver o pacote atom-embelezar instalado, poderá ativar / desativar o formato automático ao salvar para cada pacote suportado idioma separadamente:
Preferences → Packages → atom-beautify → role até Language Config - LangXYZ - Beautify On Save (com o LangXYZ sendo o idioma configurado).
Se você não tiver pacotes extras instalados, pode ser que o pacote whitespace , que vem com o Atom, esteja ativado por padrão : Preferences → Packages → whitespace
Você pode clicar em Disable e terminar (eu fiz :-)), ou você pode desativar o pacote seletivamente através de entradas no arquivo config.cson , conforme documentado na própria página do pacote.