Instale o Imagemagick , é gratuito e está disponível para Windows e Unix.
Então:
$ convert -crop 1000x1000 <yourfilename.jpg> <base_of_outputfilenames.jpg>
Isso fornecerá a você arquivos que são < = 1M pixel, portanto, os que estiverem na borda poderão ser menores que os outros. Se você quer que eles sejam todos do mesmo tamanho, você precisa calcular o tamanho antecipadamente ou usar algo como:
$ convert -crop 25%x25% <yourfilename.jpg> <base_of_outputfilenames.jpg>
Mas isso pode levar a alguns blocos com um ou dois pixels de largura, se a largura não for divisível por 4 ..