Eu vejo que você comentou sua própria pergunta. Só queria te dar algumas opções:
Você pode instalar a unidade 2D como solução:
Então você escolhe na janela de login como "2d Unity", eu acho. Isso parecerá quase o mesmo que o desktop ubuntu padrão, mas sem aceleração 3D.
Além disso, você pode querer registrar um defeito na barra de ativação se puder reproduzir com segurança a falha. Se você realmente quiser reduzi-lo, abra o "Gerenciador de configurações do CompizConfig" e tente ativar alguns recursos como "animações" ou "janelas desbotadas" e veja se um desses recursos está causando a falha.